必ず求められるのは国交省航空局への包括申請です。
「日本全国・1年間」というまとまった場所と期間を取得できる便利な申請ですが、この許可が出る条件として「10時間の飛行経験」が必要となります。
例えばスクールに通って資格を取得する際、ドローン操縦士協会(DPA)では回転翼3級発行自体に10時間の飛行経験が必須となり、インストラクターがしっかり資格管理団体へ報告するため飛行時間が不足して許可が降りない、ということはありません。
しかし、無資格だからといって申請自体が行えないということはなく、「許可の出やすさに影響がある」という言い方になります。
あくまで一例ですが、「人口集中地区」での飛行申請を提出した際、リスクを伴う飛行方法になりますので有資格者は経験者としての証明を持っていることになり、早ければ1週間程度で許可が出ます。
対して無資格の場合はそもそも10時間の証明がなく、ドローンの経験自体があるかどうかもわかりませんので審査が慎重になり許可取得まで長期間かかる、または修正・取りけしとなる可能性もあります。